يعدّ الحضور في المحافل الدولية - لاسيّما في المجالات العلمية - مؤشّراً على اهتمام هذه المحافل والمنظّمات الدولية بهذه الجامعة، فضلاً عن أنّه يتيح لجامعة المصطفى (ص) الاستفادة من الخدمات العلمية الدولية. كما ترحب جامعة المصطفى (ص) العالمية بالانتساب إلى سائر المنظّمات العلمية الثقافية، وذلك في ضمن تعاونها مع هذه المنظّمات في المحافل العلمية الدولية، كما أنّها تتمتّع بعضوية فعّالة في منظّمات واتّحادات عديدة منها:

1. اتّحاد جامعات العالم الإسلامي

FUIW) .2). الاتّحاد الدولي للجامعات

IAU) .3). الاتّحاد الدولي لرؤساء الجامعات

IAUP) .4). اتحّاد جامعات آسيا والمحيط

AUAP) .5). اتحاد الطلبة الجامعيين في العالم الإسلامي (Rohama).